1939年9月1日，以德国进攻波兰为序幕，第二次世界大战爆发。战争爆发后的头两年间，美国政府受孤立主义和中立主义思潮的影响，一向对战争持观望态度，想使美国置身于战争圈子之外，1941年12月底，当日本海空军袭击珍珠港事件发生以后，美国才被迫参战。
这时杜邦公司的火药生产获得了更大发展，又从战争的火与血中捞取了大量美元。1942年上半年，美国科学家开始研制一种新武器——原子弹。杜邦公司又以其经济和政治实力，被委托为原子弹的研制提供秘密基地，于是杜邦公司除大发横财外又大捞政治资本，企图洗尽第一次世界大战被称为“死亡贩子”的不光彩的声誉。
不过，这时候杜邦公司的三位亲兄弟都已经退出了历史舞台，由皮埃尔的妹婿之弟瓦尔特·卡班达继任公司总裁了。正是他力排众议，接下了速造原子弹的“汉福德”工程。
1. 首届非杜邦总裁
1941年拉蒙辞职后，瓦尔特·卡班达接任杜邦公司总经理。瓦尔特·卡班达何许人也，他如何当上了杜邦公司的第九任总裁？要弄清这个问题，还得从皮埃尔的姻亲说起。在杜邦公司的雇员中，有一个人称卡班达的家族，家族中的老大名叫罗伯·卡班达，人称鲁利。老二即鲁利的弟弟名叫瓦尔特·卡班达，鲁利娶了皮埃尔的小妹为妻，于是成了杜邦家族的姻亲，瓦尔特·卡班达娶的是伊雷内的孩子们的家庭女教师。按老传统瓦尔特也许算不上杜邦家族的姻亲，不过把眼光往下移一点，也还是说得过去，因为他的两个儿媳都是杜邦家族中的千金小姐。其实，从人际关系来说，瓦尔特·卡班达与杜邦家族的密切程度，并不比直接的姻亲差，因为瓦尔特对杜邦家族的成功所做的贡献是出类拔萃的。
卡班达在康奈尔大学上四年级时，辍了学，原因是杜邦公司需要一位懂得化工专业知识的年轻人去智利考察如何利用那里的有丰富产量的硝石矿的最佳途径。不过，他虽然大学没有毕业，但学识渊博，才华出众，且具有非凡的敏锐而又卓越的记忆。他具有真正的绅士所特有的风度，温文尔雅、谈吐不俗。
瓦尔特工作作风非常严谨，而且领导艺术也很高明。杜邦公司雇来建立公关部的布雷曼，曾经是一位记者，习惯于深夜工作，第二天9点才来到办公室上班，他的秘书告诉他，瓦尔特已于8点来过电话并要他打个电话过去。
他以为有什么要事，瓦尔特却只问了他一个简单问题。第二周、第三周都发生了同样的情况，布雷曼开始意识到其中奥秘了，当第四周上午八点零几分瓦尔特又来电话时，布雷曼已经在办公室同他对话了。瓦尔特就这样暗示雇员应该怎么对待上班规章，而不是直接提出批评或建议。
瓦尔特工作作风的另一个特点是十分细致周到，有些看起来是小事，而他都毫不马虎。有一次皮埃尔在朗伍德庄园举办夏夜音乐会，演出开始后，有一辆车才开进园内，坐在皮埃尔身旁的人猜测说，那可能是瓦尔特吧。说话间，车的前灯熄灭了，皮埃尔说：“没错，那准是瓦尔特，除了他还有谁担心自己的前车灯会转移观众的注意力呢。”
拉蒙当杜邦公司的总经理前，瓦尔特在开发部任职，他同他的哥哥鲁利一起对杜邦公司在第一次世界大战结束后的发展方向，进行了范围广阔的调查研究，根据杜邦公司可能采用的专门技术和生产设备，把赛璐珞确定为战后化工工业的首批产品。这个建议被拉蒙采纳，随后，杜邦公司以500万美元买下了一家赛璐珞行业中“生产兴隆的”阿林顿公司，这一项决策为杜邦公司战后化工工业的发展起了举足轻重的作用。
开发部实际上是杜邦公司的参谋部，同时又有一定的决定权，一是决定杜邦公司未来应参与的产业，二是一旦决定之后如何参与，是购买现存的别的公司，还是自己开办一个新厂，从中找出最佳决策，杜邦公司战后许多新领域开发的决策大都是瓦尔特领导的开发部作出的。
拉蒙任总经理不久，就提升瓦尔特为杜邦公司司库。数年后，又任命他为公司管财务的副总经理。
1939年，第二次世界大战爆发不久，拉蒙有意离开总经理职位，当时外界猜测，皮埃尔的小侄子与小亨利B.杜邦将是确定无疑的他叔叔的接班人。
然而出乎意外的是杜邦家族竞挑选了一位既非本家又非姻亲的52岁的瓦尔特·卡班达。
杜邦家族做出如此选择自然有某种考虑的，当时有些人认为第二次世界大战的战火已经燃烧了欧亚两洲，为适应这种新形势的需要，杜邦公司在领导及经营体制方面必须做出巨大变革。在这种情况下选择一个年纪较轻、经验丰富，而又有很强决策能力的人掌握公司大权是再恰当不过的。
不管怎么说，皮埃尔既然选中了卡班达，就说明了这个人绝非等闲之辈，一定很有远见，办事敏锐果断，并且有很强的社交能力，卡班达在拉斯科布投奔通用汽车公司之后曾掌管财务工作这一事实也能证明这一点。
2. 非火药品的高额利润
早在1936年1月，罗斯福鉴于日益加剧的欧洲局势继续奉行胡佛的不干涉政策，提出了他的“中立法案”，规定禁运武器和弹药，并且禁止一切可能用于战争的物资出口，同时发起了向美国的主要军火商杜邦公司开火。
1939年9月1日，希特勒发动了对波兰的突然袭击，接着英法两国对德宣战。第二次世界大战爆发，由于美国远离欧洲战场，其本土未受到战争威胁，加之美国国内孤立主义势力十分猖獗，所以暂时保持中立，9月23日，美洲国家外长在巴拿马开会，通过《中立宣言》，宣称美洲国家有权把交战国的潜艇赶出本国领海，在美洲大陆周围建立起300海里的安全地带。
宣言归宣言，中立归中立，杜邦公司仍然自行其事。1940年1月，杜邦公司的办事人员还在和德国大军火商法本秘密谈判军火贸易合同。
为了战备需要，这年3月罗斯福向杜邦公司订购了2 000万美元的无烟火药，并授权杜邦以2 500万美元建设费，兴建一家火药厂，其产量将达到全国火药总产量的三倍。
随着希特勒在非洲和巴尔干战场上频频得手，战事不断扩大，罗斯福总统迫切地感到需要同英法加强合作，以抗击法西斯的侵略扩张。他不断向国内孤立主义思潮作斗争，督促美国参众两院在10月底和11月初通过了新的中立法，取消禁止向交战国出售武器的决定：允许外国在付款和自运的条件下购买美国武器。由于英法海军力量远远超过德国海军，所以这一修改实际上是为英法购买军火打开了绿灯。
法国投降以后，美国于1940年8月，同英国签订了共同防御西半球的协定，9日美国又向英国提供了50艘旧军舰，英国以允许美国在其所属大西洋八个岛屿上修建海军基地作为交换条件。12月29日，罗斯福发表炉边谈话，他说：“如果大不列颠一旦崩溃，我们全美洲的人民将生活在枪口之下……
我们必须成为民主国家的大兵工厂。”
1941年3月，在英国首相丘吉尔与罗斯福总统的频繁接触和要求下，罗斯福设想用租借的形式，解决向英国和苏联盟军提供军事援助问题，并指示美国国会通过租借法，授权总统用出售、转让、交换或租借的方式把武器和军用物资提供给“对美国国防关系至关重要”的国家，3月27日美国又同英国秘密制定了“ABC—1计划”，规定了两国的政治军事战略。决定首先集中力量在欧洲战场打击德国，然后再对付日本，即所谓先欧后亚战略，这样美国虽未参战，实际上已同英国结成了同盟。1941年5至6月间，英国与德意两国海空军在地中海上展开激战，争夺制海权，英国首相丘吉尔要求美国监视德国潜艇的活动，并帮助搜索德国最新战列舰行动方向及位置。于是罗斯福指示美国海军在大西洋上巡逻，并随时将发现的德国潜艇情况报告给英国皇家海军，到了7月，美国海军占领了冰岛，并冻结了日本在美国的资产。
这年11月，罗斯福要国务卿赫尔向东京下达最后通牒，要求日本完全从印度支那和中国撤军以保护门户开放，从而迫使日本采取行动。日本外相首次提出谈判要求，遭到总统的拒绝，在日本谈判者到达华盛顿之前，1941年 12月3日，美国海军截获并译出了日本要求“同美国进行战争，同英国进行战争”的电讯。4天后爆发了对珍珠港的袭击事件，美国被迫参战。美国参战以后，又有十多个国家对德意日轴心国家宣战，世界大战进入了一个新的阶段，接着美英苏三国研究制订迅速开辟欧洲第二战场的计划，并在英国大量收集储存武器。这样杜邦公司又面临火药产销一个千载难逢的大好时机。
拉蒙立即把杜邦公司从事化学品生产的工厂，迅速地转入生产炸药、毒气和其他战争中的重要材料，这时拉蒙控制着世界上最大的军火工业，按照他提出的高价跟政府签订了生产火药的大合同。杜蒙简直是乘国之危，趁火打劫。他说现在是销售者卖方市场，买方急需要货，那就必须按照卖方的价格。1942年9月，正值美海军与日本进行关岛之战时，苏德正进行斯大林格勒之战时，他大言不惭地说：他们需要我们所拥有的东西，好，让他们付出相应的高价吧。杜邦公司生产了40.5亿磅的火药。大约相当于战时全国总产量的70％，比杜邦在第一次世界大战时的产量增加了3倍。杜邦的非火药生产和营业利润甚至更大。
这一时期，瓦尔特·卡班达全力抓非火药产品的生产与销售，他组织开发部的人员研制出适应战争需要的新产品，投放市场，杜邦公司的尼龙代替了日本丝质降落伞、滑翔机的索引索和热带用的蚊帐。杜邦漆被涂上了整个海军舰队的舰身。杜邦染料被用于军服，杜邦阻冻剂使军车能在冬天行驶，杜邦玻璃纸用于包装给养、药物和供给品。单单一个杜邦公司就制造出 86件独一无二的超级空中堡垒轰炸机的配件。战时经济耗费了相当于 5.0929万英里的杜邦35厘米胶卷，3800万英里尼龙降落伞布，9290万磅玻璃纸和1100万磅滴滴涕。杜邦公司又获得了超额利润，仅1941年他们就获得净利7700万美元，1942年年度报告销售收入4.98亿美元，获红利近500万美元，是杜邦公司140年历史上生意最大，赚钱最多的一年。
战争需要军火，战争也需要汽车，通用汽车公司的生产十分火红，战争期间其销售额达140亿美元，杜邦从中获得了巨大红利，仅1941年，就捞得红利3700万美元。对杜邦家族来说，这场战争的胜负与他们无关，数千万人流血牺牲与他们无关，他们关心的只是如何更多地赚钱，更可耻的是，在美国和德日交战中，他们仍信守过去同德国军火商签订的销售合同，对敌人的军火生意照做不误。
然而正如中国有句俗话所说的，又想当婊子，又想立牌坊。拉蒙深怕杜邦家族又会像在第一次世界大战时一样，被人冠以“死亡贩子”的称号。因此，他一方面在做昧良心的生意，一方面又搞宣传活动，标榜杜邦家族的爱国精神与行动，企图改善杜邦家族在民众心目中的形象，但是真正的爱国者，不是杜邦家族的人，而是那些老实遵守罗斯福“坚守岗位的号召”和冻结工资政策和不准罢工的法规而拼命干活的工人，杜邦公司就靠工人们的爱国牺牲精神，为自己创造每年一亿多美元的利润。
3. 高效的汉德福工程
1941年，拉蒙·杜邦辞去了总经理职务，由瓦尔特·卡班达继任总经理，瓦尔特不仅成了世界上最大的军火企业的掌权人，而且获得了将自己的名字和世界上第一颗原子弹联在一起的机遇。在后来的二十多年，也许在美国企业界的名人中，没有一个比沃尔特·卡彭特更令人肃然起敬，尤其是在他的那些同等地位的人当中，有关杜邦公司如何参与建造原子弹的“曼哈顿研究计划”的故事，既反映了卡彭特对杜邦公司应起作用的态度，也反映了在杜邦公司人们对这种态度的接受程度。
1942年10月30日，当时负责《曼哈顿计划》的莱司利·R.格罗夫斯基将军打电话给杜邦公司的威利斯·哈林顿，请他去华盛顿·哈林顿带了杜邦公司试验所所长C.L.斯坦一起前往，格罗夫斯在概述了这项研究计划后，便提出请杜邦公司给予帮助。在威尔明顿最初的反应是既勉强又怀疑，这项研究计划超出了杜邦公司的研究领域，它既有相当大的危险性，又没有任何成功的把握，况且杜邦公司当时能做的生意已经足够了。然而，卡彭特确信，这项研究计划是必需要做的，因为如果美国不做，那么德国或日本就可能捷足先登，杜邦公司执委会被他说服了。在接着召开的董事会会议上，董事们围坐在一张大会议桌旁，每人的面前都堆着一摞文件，卡彭特侃侃而谈，他阐述了将要承担的任务的性质。当他的说明完毕后，他对各位董事说，在表决前，诸位可以首先阅读各自面前的那摞文件，里面有关于这项研究计划的更详细的说明，但无论是在表决前还是在表决后，董事们却没有一个翻阅这些文件的，因为大家对这个计划似乎既不懂也不怎么关心。杜邦公司参加这项研究计划的决定就这样在董事会获得了通过。
研究原子弹这项工程，说来话长，第二次世界大战期间，有几个国家在从事这项研究，其中美国、英国和德国几乎在同一时候开始的。因为 1939年关于原子裂变能放射出巨大能量的结论也为各国科学家所了解，人们记得1943年英美联军执行“火炬”作战计划，大军逼近罗马时，为了挽救意大利的命运，巴多格利奥元帅将墨索里尼逮捕，将他关在阿布里奇高山上一个小型休养地，后被希特勒派飞机救出，被送往德国慕尼黑去见希特勒，希特勒给他打气说，德国正在研制一种秘密武器，等这种秘密武器一成功，他们就有希望了。研究什么秘密武器，希特勒没有说。不过据英美情报部门掌握的德国暗中寻找“重水”的材料分析，肯定是在研制原子弹。也许是由于没有获得“重水”，所以希特勒和墨索里尼都没有能盼望到这颗救命草，结果一个自杀，一个被处死。
英国在1940年就开始这项研究，主要是在牛津、剑桥、伦敦等大学里进行。后来由主要科学家组成了一个委员会，由乔治·汤姆森爵士主持。1941年夏季已经取得了可喜的进展，汤姆森报告说，在从事研究的科学家们看来，在大战结束前制造出一枚原子弹已经完全有可能。后来英国三军参谋长建议应抓紧这项研究，于是英国政府在科学家和工业部门设立了专门机构作为对这一工作的指导。为了保密，他们把这个机构称为“合金管局”。两年前，美国的物理学家们就已经成功地从天然铀中分离出一种核物质——铀 ，这 235
种核物质有可怕的爆炸力，远远超过了TNT炸药。但把这两项科学理论转化为实用技术还处于初步的实验阶段，于是哥伦比亚大学的乔治·培格拉姆博士和由意大利逃到美国的物理学家费米博士在普林斯顿大学高等研究所的爱因斯坦博士（流亡美国的德国犹太人）的联合下，于1940年给罗斯福总统写信提出了研制原子弹的计划。开始，罗斯福总统对此并不十分重视，命令由政府标准局负责这项研究工作，拨给6000美元作研究费。1941年12月，在爱因斯坦博士的推动下，罗斯福总统终于下令成立特别研究小组。参加这一小组的成员有：哥伦比亚大学的培格拉姆博士，芝加哥大学的康卜顿博士和费米博士，加州大学的劳伦斯博士等等，全是物理学界的泰斗。
1941年12月11日，罗斯福写信给当时的英国首相丘吉尔，建议两国联合进行研究。因此，英美双方所有的工作就联合起来了。而且，一些有关的英国科学家去了美国。1942年6月，这个绝密的计划命名为“曼哈顿计划”，并且隶属于以莱斯利·格罗夫斯将军为首的陆军领导，研究费用也有了保障。
两个月后，杜邦研究室的库帕博士也参加了研究工作。
1942年上半年，丘吉尔了解到研究工作已经到能够投产的时候了，便于6月份访美时，同罗斯福举行会谈，在会谈中，他们俩人都感到，在全面试验以前，谁也说不准能否碰到什么实际问题，同时感到有一种一事无成的危险。如果德国人先于英美获得一枚原子弹，那将是多么可怕的情景，俩人都决心努力做工作，决不冒落在敌人后面的危险。丘吉尔提出应立即搜集所有情报，在平等条件下共同工作，如果获得好的结果，要平等分享。于是，俩人又研究了建设工厂的地址、经费等问题，然而使丘吉尔为难的是，英伦三岛正遭德国轰炸，肯定不能建原子能工厂，而且英国也负担不起巨额经费。
这时罗斯福表示由美国承担建厂和试爆的一切任务。于是，英美共同作出决定，达成了协定的基础。这是一项巨大的事业，美国政府对这个研究计划的拨款总数达23亿美元，最后大功告成时花去的费用为22亿美元。杜邦公司负责的最大部分是建造汉福德工厂。这是一家生产钚的工厂，位于华盛顿州，占地近50万英亩，耗资约3亿5千万美元。此外杜邦公司在原子弹的研制阶段，还在田纳西州的橡树岭建了生产钚的分厂。当时格罗夫斯将军向卡班达宣称除设备建造外，原子炉的建造及运转也由杜邦公司承担。卡班达提出杜邦公司是化学公司，而这些事情主要依靠物理知识，恐怕一家承担不了。格罗夫斯将军进一步向他说明，这是一项重大的绝密计划，不能涉及过多的公司及人员，所以尽量由杜邦公司一家来承担。随后卡班达派格林沃尔特与格罗夫斯将军进行具体谈判。而杜邦公司此时的顾问是哈佛大学的校长詹姆士·卡依博士，他利用这一特殊的地位，斡旋于卡班达和格罗夫斯之间，促成双方达成协议：
1.杜邦公司负责全部计划所需工程的设计、建造及安全运转，报酬除成本费外，再加上适当的利润，但杜邦公司将利润定为1美元。
2.在整个计划中，杜邦公司开发出的新技术应一律为陆军所拥有。
1942年12月2日，克罗福德·格林沃尔特成为“曼哈顿计划”董事会的一个成员，并被委任为发展处主任，亲自代表杜邦领导。他的具体工作是在从事原子弹研究的芝加哥科学家和从事制造原子弹材料的杜邦公司工程师之间穿针引线。从那天开始标志着核时代的开始，也标志着格林沃尔特流星般地升到董事职位的开始。那天开始，研制世界上第一颗原子弹的实际工作主要成了杜邦的责任。曼哈顿工程实际上成为杜邦工程。这项工程是高度保密的，因为那时候德国的间谍遍布各地，几乎是无孔不入，所以工厂警卫非常严密，在带刺的铁丝网后面，秘密地建造了生产车间，杜邦的经理人员十分喜欢清静，因而来调查的美国议员们被挡驾了。据说有一次，一位议员询问卫兵，“他们在里面制造什么？”卫兵毫无表情地回答：“口香糖。”为了保守机密，杜邦公司将全体职工六万人从东至西搬迁了约4345公里。
麻省理工学院毕业的高才生，曾任杜邦公司实验室主任的格林沃尔特，在曼哈顿工程中工作得十分出色。格罗夫斯对格林沃尔特在这项研究计划中所做的管理工作赞不绝口，因为这些工作主要是由格林沃尔特负责的。格罗夫斯称格林沃尔特和当时的杜邦公司总工程师格兰维尔·M.里德是两位必不可少的功臣，要是没有他们，那座宏伟的“汉福德”工厂就不可能竣工，在兴建“汉福德”的工程开始后，格林沃尔特便被派往哥伦比亚里弗工地任技术负责人，这是一项举足轻重的棘手工作，那些在后方的芝加哥科学家相当怀疑这位在核物理方面未曾受过任何训练的企业家。他们起先都不愿将有关“汉福德”工程的各项设计确定，而愿不断寻找改进。为此格林沃尔特集中 精力对核领域的知识作了快速认真的学习，并且不久就用内行人的语言与那些科学家交谈了。他使那些科学家们认识到了加快进行这项工程的紧迫性，为了节省宝贵的时间，他冒着犯错误的风险当机立断，就连这批科学家也感到佩服。杜邦公司为曼哈顿工程做出了巨大贡献，然而却坚决索取一美元的利润，与他们过去那种见利忘义、心狠手毒的表现两相比较，实在让当时外界惊诧莫名。其实，杜邦公司的领导人拉蒙·卡班达等想得很远，一方面，他们不会忘记第一次世界大战后，被美国国会一些人冠以“借战争坐大的军火贩子”的头衔，他们是想借这项工程以雪家耻；另一方面，也是最重要的方面，曼哈顿工程提供了极为宝贵的情报资料，并带来了以后享有的名声。
尽管专利权是属于政府的，而实际知识却属于杜邦家族。正如他们在德国染料上的经验所教育他们的：没有实际知识的专利权是不值钱的，在实验和生产最花钱的阶段中，杜邦公司分文未出便获得了无价的知识。
正如人们所熟知的，曼哈顿工程经过两年的艰苦奋战，终于产生了令人兴奋的然而致命的可怕结果。1945年7月17日，一个震动世界的消息传来了：在墨西哥沙漠里进行的核试爆获得了成功。
8月6日，美国制造的铀238原子弹投在广岛；同年8月9日，美国人又在长崎投下了他们研制的钚239原子弹。日本上空出现了两道耀眼的闪光，他使广岛、长崎两个城市和7万无辜的居民在可怕的黑色蘑菇云中消失了。
美国在日本广岛投掷原子弹的第二天即8月8日，早已做好对日作战准备的苏联红军向驻守中国东北的日军主力关东军发动进攻，在中国人民抗日武装配合打击下，日军迅速土崩瓦解，8月15日，日本宣布无条件投降。第二次世界大战结束。
